Родился в 1930 в Вендорфе, Германия.
Юккер начал свое художественное образование в 1949 году, когда поступил на учебу в Висмаре. В 1955 окончил Kunstakademie Düsseldorf, где учился у Отто Панкока.
В 1956 году Гюнтер Юккер начал использовать гвозди в своем искусстве. К 60-му году встретился с представителями группы «НОЛЬ» - Хаинцем Маком и Отто Пене (Heinz Mack, Otto Piene), которые противопоставляли свое творчество немецкому информэлю. Юккер занялся изучением света, оптики, колебаний, которые позволяли ему влиять на визуальный процесс. Юккер, Мак и Пиене работали вместе, и в 1962 установили 'Salon de Lumière' в Palais des Beaux-Arts в Париже. Их союз продлился недолго, в 1966 году он распался.
Юккер всё больше и больше использовал гвозди. В начале 60-х он начал забивать гвозди в предметы мебели, музыкальные инструменты и бытовые объекты, затем начал комбинировать гвозди с темой света, создавая легкие гвозди и кинетические гвозди. Также он использовал природные материалы, такие как песок и вода.
Его работы находятся в коллекциях и музеях Запада и Востока. Творческий потенциал достиг кульминационного момента в 2000 году в молитвенной комнате (prayer room), которую он проектировал для восстановленного здания Рейхстага в Берлине.